消毒滅菌方法種類多，應用條件各不相同。工作中如何根據實際情況選擇恰當的消毒滅菌方法，對保證消毒滅菌效果至關重要。選擇消毒與滅菌的方法應考慮以下三個方面。
（一）根據物品的性質進行選擇
    不同的物品，對各種消毒滅菌因子的穿透力以及耐受力不同，應據此選擇不同的消毒滅菌方法。其總的原則是保護消毒物品不受損壞，使消毒方法易于發揮作用。
      1.耐高溫、耐濕度的物品和器材,應首選壓力蒸汽滅菌；耐高溫的玻璃器材、油劑類和干粉類等可選用干熱滅菌。
      2.不耐熱、不耐濕，以及貴重物品，可選擇環氧乙烷或低溫蒸汽甲醛氣體消毒、滅菌。
      3.醫療器械的浸泡滅菌，應選擇對金屬基本無腐蝕性的滅菌劑。
     4.選擇表面消毒方法，應考慮表面性質，光滑表面可選擇紫外線消毒器近距離照射，或液體消毒劑擦拭；多孔材料表面可采用噴霧消毒法。
     5.對于一些無使用價值的醫療廢物、病人衣物、尸體等可采用焚燒處理。
（二）根據物品上污染的微生物類型及數量進行選擇
      不同類型的微生物對消毒滅菌因子的抵抗力不同，因此被不同類型微生物污染，應采用的消毒滅菌方法也應有所不同。
      1.對受到致病性芽胞菌、真菌孢子、分支桿菌和經血傳播病原體污染的物品, 選用高效消毒法或滅菌法。
      2.對受到真菌、親水病毒、螺旋體、支原體、衣原體和病原微生物污染的物品，選用中效以上的消毒方法。
     3.對受到一般細菌和親脂病毒等污染的物品，可選用中效或低效消毒法。
    4.殺滅被有機物保護的微生物時，應加大消毒藥劑的使用劑量和/或延長消毒作用時間。
    5.消毒物品上微生物污染特別嚴重時，應加大消毒藥劑的使用劑量和/或延長消毒作用時間。
（三）根據物品污染后的危害程度進行選擇
    不同物品的使用目的不同，對其上微生物的要求也不同，因此需使用不同的消毒滅菌方法，使達到相應的要求。
     1.高度危險性物品，必須選用滅菌方法處理。
     2.中度危險性物品，一般情況下達到消毒即可，可選用中效或高效消毒法。但中度危險性物品的消毒要求并不相同，有些要求嚴格，例如內窺鏡，體溫表等必須達到高效消毒，需采用高效消毒方法消毒。
     3.低度危險性物品，一般可用低效消毒方法，或只作一般的清潔處理即可，僅在特殊情況下，才作特殊的消毒要求。例如，在有病原微生物污染時，必須針對所污染病原微生物的種類選用有效的消毒方法。