生物指標是種活微生物制品，可對特定滅菌方式具有一定耐受性定量測定其滅菌效果。
1、濕熱滅菌法
      將物品置于消毒柜內利用高壓飽和蒸汽、過熱水噴淋等手段使微生物菌體中的蛋白質、核酸發生變形而殺滅微生物的方法叫做濕熱滅菌法。濕熱滅菌法最常用的生物指示劑為嗜熱脂肪芽孢桿菌孢子，在121℃、19min下應被完全殺滅。
2、干熱滅菌法
      將物品置于干熱滅菌柜、隧道滅菌器等設備中，利用干熱空氣達到殺滅微生物或消除熱源物質的方法稱為干熱滅菌法。常用的生物指示劑為枯草芽孢桿菌孢子。
3、輻射滅菌法
     輻射滅菌法是指滅菌物品利用電子輻射或γ射線輻射殺滅微生物的方法。常用的生物指示劑為短小芽孢桿菌孢子。
4、氣體滅菌法
     指化學消毒劑形成的氣體殺滅微生物的方法，常用的化學消毒劑有環氧乙烷（EO）、氣態過氧化氫、甲醛、臭氧等，枯草芽孢桿菌孢子作為生物指示劑，適用于在氣體中穩定的物品滅菌。
5、過濾除菌法
    缺陷假單胞菌生物指示劑利適用于過濾除菌法。用細菌不能通過致密微孔濾材的原理以除去氣體或液體中的微生物的方法。